Владимир Владимирович Бортко родился 7 мая 1946 года в Москве.

После учёбы в Киевском геологоразведочном техникуме он в 1965—1966 годах служил в армии, потом три года работал техником-электриком в «Военпроекте» в Киеве.

В 1969 году Владимир Бортко поступил в Киевский государственный институт театрального искусства имени И. К. Карпенко-Карого, где учился в мастерской Р.Р.Ефименко и В.Л.Чубасова. Окончив институт в 1974 году, он работал ассистентом режиссёра на киностудии имени А. Довженко, а после режиссёром-постановщиком и в 1975 году поставил свой первый фильм «Канал».

В 1980 году стал режиссёром-постановщиком на киностудии «Ленфильм», где в поставил фильм «Комиссия по расследованию», памятный актёрскими работами Олега Ефремова, Ирины Мирошниченко, Евгения Лебедева. Известность пришла к Владимиру Бортко после комедийной ленты «Блондинка за углом», на главные роли в которой режиссёр пригласил Андрея Миронова и Татьяну Догилеву.

Экранизация повести Михаила Булгакова «Собачье сердце» принесла Владимиру Бортко признание мировой кинообщественности — этот фильм был удостоен Гран-при кинофестиваля в Перудже. Роль профессора Филиппа Филипповича Преображенского в стала одной из лучших работ Евгения Евстигнеева, а роль Шарикова открыла для кино Владимира Толоконникова.

В 1991 году на экраны вышла военная драма «Афганский излом», в которой снялся популярный в те годы в Советском Союзе итальянский актёр Микеле Плачидо. После комедии «Удачи вам, господа…» 1991 г. и до поставленной в 1998 г драмы «Цирк сгорел и клоуны разбежались» В. Бортко практически не работал по специальности.

Новый век отмечен значительными телевизионными работами режиссёра: «Бандитский Петербург», «Идиот», и «Мастер и Маргарита».

С марта 2007 года проживает в Санкт-Питербурге